MTs Negeri 11 Jember merupakan lembaga pendidikan madrasah yang memiliki perjalanan panjang dalam perkembangannya. Cikal bakal madrasah ini bermula dari kerja sama Indonesia dan Australia melalui program Australia Indonesia Basic Education Program (AIBEP) di bidang pendidikan.

Pada tahun 2009, melalui program tersebut dibangun Madrasah Tsanawiyah Satu Atap Silo di Dusun Pasar Alas, Desa Garahan, Kecamatan Silo, Kabupaten Jember. Pembangunan gedung dimulai pada tahun 2009 dan selesai pada tahun 2010. Meskipun gedung belum selesai, proses penerimaan peserta didik baru telah dimulai sejak 2009. Untuk sementara, kegiatan belajar mengajar dilaksanakan di gedung MIN 4 Jember yang berada di sekitar lokasi madrasah. Setelah pembangunan selesai pada tahun 2010, seluruh kegiatan pembelajaran kemudian dipindahkan ke gedung MTs.

Dalam perkembangannya, madrasah dipimpin oleh beberapa kepala madrasah, yaitu Abdul Kohar, S.Ag., M.Pd.I. (2009–2012), Anwaruddin, M.Pd.I. (2013–2015), dan Moh. Iskak, M.Pd.I. (2016–2019). Pergantian kepemimpinan tersebut turut mendukung proses perkembangan dan penguatan tata kelola madrasah.

Perjalanan penting terjadi pada 27 Agustus 2018 berdasarkan SK Menteri Agama RI Nomor 535 Tahun 2018, yang menetapkan MTs Satu Atap Silo menjadi lembaga negeri. Setelah melalui beberapa proses dan kendala, penegerian tersebut direalisasikan pada Februari 2020, ketika MTs Satu Atap Silo Filial MTsN 1 Jember resmi berubah menjadi MTs Negeri 11 Jember.

Sejak menjadi madrasah negeri, MTs Negeri 11 Jember terus berkembang dan berupaya meningkatkan kualitas pendidikan, pelayanan, serta tata kelola madrasah. Perjalanan dari madrasah satu atap hingga menjadi MTs Negeri 11 Jember menjadi bagian penting dari sejarah dan identitas lembaga hingga saat ini.